Dans ce chapitre, une cure génétique est découverte, capable de supprimer les pouvoirs mutants. Cette nouvelle réveille des tensions et des divisions au sein de la communauté mutante. Les X-Men, dirigés par le Professeur Charles Xavier (joué par Patrick Stewart), croisent le fer avec la Confrérie des Mutants, menée par Magnéto (interprété par Ian McKellen), qui voit dans cette cure une menace pour leur existence. Le film présente une distribution impressionnante avec des acteurs tels que Hugh Jackman dans le rôle emblématique de Wolverine, Halle Berry en tant que Tornade, et Famke Janssen dans le rôle de Jean Grey / Phoenix. L'histoire explore également la montée en puissance de Jean Grey, qui se transforme en l'entité destructrice et incontrôlable connue sous le nom de Phoenix, posant une menace non seulement pour les humains, mais aussi pour les mutants.